Die richtige und günstige Pflege von Wasserbetten ist das A und O für die Langlebigkeit, denn hat man eine gute Qualität gekauft und pflegt das Wasserbett in regelmäßigen Abständen, dann hat man 20 Jahre und länger sehr viel Freude daran. Im Allgemeinen ist die Pflege von Wasserbetten nicht besonders aufwändig, sollte aber dennoch in ihrer Wichtigkeit nicht unterschätzt werden. Das Wasser in einem Wasserbett muss man in der Regel nicht auswechseln. Hierbei ist eine Behandlung mit einem Conditioner ausreichend.
Durch ihn wird die Bildung von Algen, Pilzen und Bakterien vermieden, zudem pflegt er das Vinyl von innen und hält es so schön geschmeidig. Durch die regelmäßige Zufuhr eines Conditioners, wobei ein Zeitraum von 12 Monaten empfohlen wird, wird im Wasser ein Medium geschaffen, in dem sich Hefen, Pilze und Bakterien nicht vermehren können. In einem Conditioner sind biozide Wirkstoffe, wie beispielsweise Benzakaniumclorid und unterschiedliche Additive, enthalten, durch die eine gleichmäßige Verteilung des Mittels im Wasserbett gewährleistet ist. Zudem muss man die Oberfläche von einem Wasserbett reinigen. Hierfür gibt es einen speziellen Cleaner, mit dem man alle vier bis sechs Wochen das Vinyl gut einstreichen sollte. Durch diesen Cleaner werden hinterlassene Schweißkristalle und allgemeiner Schmutz entfernt. Zusätzlich wird durch den Cleaner aber auch das Vinyl gepflegt und geschmeidig gehalten.
Die Geschmeidigkeit des Vinyls spielt eine große Rolle bei der Pflege eines Wasserbettes, denn wird es nicht mit Pflegemitteln behandelt, kann es hart und porös werden. In der Folge kommt es an den porösen Stellen zu einer Rissbildung und Wasserbetten können auslaufen.